Merito della nuova edizione della Bibbia di Gerusalemme è la grande attenzione con cui accoglie i mutamenti intervenuti negli studi biblici lungo i 50 anni che ci separano dalla nascita dell'opera. Le sue note chiave a piè di pagina costruiscono un percorso tematico interno a tutta la Bibbia, favoriscono una visione sintetica e d'insieme tra tutti i libri che formano l'Antico e il Nuovo Testamento, evitano che il lettore si smarrisca nel particolare del singolo libro e lo accompagnano a capire che la Bibbia è un libro composto da tanti libri. Nell'edizione italiana, tali note sono state ulteriormente ampliate per fornire elementi che aiutino la comprensione delle scelte operate dalla nuova traduzione della CEI, che costituisce il testo biblico. L'itinerario di approfondimento a partire dalle note della Bibbia di Gerusalemme, difficile da costruire nel suo insieme e nei collegamenti da parte di chi ha poca dimestichezza con il testo biblico, è reso possibile da Le chiavi della Bibbia, strumento di lavoro che indica una strada. Ogni voce è generata partendo dai versetti della Bibbia che motivano la nota chiave. È inoltre riportato il testo biblico di referenza per sottolineare che da quest'ultimo non si può mai prescindere, e men che meno nella consultazione di un vocabolario biblico.